“國防部”委托“中科院”研發的單兵“簡易型定位導引防護器”功能言過其實，批評軍方把納稅人當傻瓜，她并主導提案凍結相關采購預算。
《聯合晚報》報導，陸軍于97年委托“中科院”來研發單兵操作簡易型定位導引防護器，花費4910萬元，聲稱具備干擾軍規美國GPS、俄羅斯GLOONASS與中共北斗定位導航系統的能力，讓敵人的導彈打偏或迷路。
報導指出，馬文君日前在立法院外交及國防委員會中提出質疑，指該防護器對美、俄、中的定位系統都不具干擾能力，形同“廢品”，軍方明年卻仍要編列數億元采購這項裝備。
馬文君說，我方宣稱擬干擾的導航系統都是中、美、俄耗費巨資研發出來的，“哪有這么容易被干擾破解？”她認為“中科院”可以繼續研發改進，尋求破解之道，但軍方不用急著買。
“中科院”的說法是，我方已取得干擾中共北斗衛星導航系統相關頻率和參數，有能力干擾中共巡航導彈，但事涉敏感，若公開說明運作原理，對方就會知道我方戰備能量所在，因此不便公開說明，將私下向立委報告，讓預算過關。
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